本府公文時效管制係針對公文從收文交辦起至結案為止等文書流程進行全程管制，處理過程中並透過新公文系統進行流程管理與稽催輔助，期公文依限辦結。檢核方式係採三級管考方式：定期檢核部分，為激勵各機關重視與提升公文處理成效，自96年度起本會即與秘書處、政風處組成本府公文檢核小組，各依權責，依據本府文書處理實施要點辦理各機關公文處理成效檢核工作，督考本府各一級機關暨區公所有關「公文時效管考作業」、「案件處理與線上作業」、「文書處理作業」及「機密文書處理作業」等之執行情形。自98年度開始，檢核機制改採「全面檢核」及「複檢輔導」二年分別輪流交互運作方式辦理。二級機關檢核則由一級機關辦理，本會則針對一級機關檢核成績較差之二級機關辦理抽查，並不定期針對機關專案案件處理情形等辦理抽查作業，以落實及督促機關改進。
為加強提升本府各機關文書處理品質，每年定期舉辦公文講習課程，講授內容包括文書處理概述、機密文書之處理與公文時效管制作業，分由本府秘書處、政風處與本會負責講授。
自新公文系統上線後，本府持續滾動式調整系統，以提升公文處理品質及效率。建議優化之項目，涉及時效及研考報表部分由本會進行評估，並視需要召開會議與秘書處及資訊局共同討論，經評估或討論決議優化之功能，則轉請資訊局協助完成系統優化。
本會每月統計分析本府所屬各機關公文收辦情形(統計表於次月下旬發布)，依一般公文、專案案件、申請案件、人民陳情案件、行政救濟案件、監察案件等6類公文處理成績報表，統計分析各類案件收文量及結案情形等。
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